W miejscowości Wartkowice w latach 1995-96 wybudowana została mechaniczno – biologiczna oczyszczalnia ścieków typu "OBRA" z trzema komorami fermentacyjnymi o łącznej przepustowości 525 m3/dobę. Inwestycja była zrealizowana przez Gminę Wartkowice wspólnie ze Spółdzielnią Mleczarska "Mleczwart" w Wartkowicach w oparciu o środki z Narodowego Funduszu Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej w Łodzi.
Obecnie do oczyszczalni ścieków poprzez zbiorczą kanalizację sanitarną doprowadzane są ścieki z terenu Wartkowic oraz Starego Gostkowa. Jest to sieć grawitacyjno – ciśnieniowa o łącznej długości 19,2 km. Właścicielem sieci kanalizacyjnej jest Gmina Wartkowice. Aktualnie zbiorowym odbiorem ścieków objęte jest 251 gospodarstw domowych, a także firmy i instytucje takie jak: Zakłady Tytoniowe JTI w Starym Gostkowie, Dom Pomocy Społecznej w Starym Gostkowie, budynek Urzędu Gminy Wartkowice, Mazowieckie Centrum Hodowli i Rozrodu Zwierząt w Starym Gostkowie, Komisariat Policji w Wartkowicach, Zespół Szkół w Wartkowicach, Zakład Przetwórstwa Mięsnego "Messer" w Wartkowicach.
Począwszy od 2001 roku na terenie Gminy Wartkowice w 220 gospodarstwach domowych uporządkowana została gospodarka ściekowa poprzez zainstalowanie przyzagrodowych oczyszczalni ścieków typu BIOPAN. Wybudowane oczyszczalnie ścieków zastąpiły istniejące, często nieszczelne szamba, co korzystnie wpływa na ochronę gruntów rolnych i wód gruntowych. Powyższe oczyszczalnie wybudowane zostały na terenach o rozproszonej zabudowie. Projekt przyczynił się do poprawy warunków życia na obszarach o najmniejszych perspektywach rozwojowych. Wykonano również odprowadzenie ścieków oczyszczonych rurociągami z rur PCV do otwartych cieków wodnych bądź do gruntu poprzez drenaż rozsączający. Ponadto przeprowadzono rozruch technologiczny, uzyskano pozytywne wyniki badań ścieków oczyszczonych pobranych ze wszystkich oczyszczalni, przeszkolono mieszkańców w zakresie obsługi i eksploatacji urządzeń.
Ekologiczne oczyszczalnie BIOPAN są urządzeniami, w których ścieki są neutralizowane metodą niskoobciążonego osadu czynnego o przepustowości 0,6-1,2 m3/dobę.
Inwestycja przebiegała w trzech etapach:
- w pierwszym etapie zainstalowano 28 sztuk oczyszczalni przyzagrodowych zlokalizowanych w miejscowościach: Sędów, Spędoszyn-Kolonia, Wierzbowa, Wierzbówka, Dzierżawy, Powodów Trzeci, Sucha Górna. Projekt zrealizowano przy pomocy środków finansowych z Wojewódzkiego Funduszu Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej w Łodzi oraz środków własnych mieszkańców.
- w drugim etapie zainstalowano 24 sztuki oczyszczalnie przyzagrodowe zlokalizowane w miejscowościach: Biała Góra, Starzyny, Orzeszków, Wola Niedźwiedzia, Wola-Dąbrowa, Nasale, Pełczyska, Mrówna, Plewnik, Wierzbówka, Powodów Drugi, Powodów Trzeci.
Projekt zrealizowano przy pomocy środków finansowych z Wojewódzkiego Funduszu Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej w Łodzi oraz środków własnych mieszkańców.
- w ramach trzeciego etapu wybudowano 27 sztuk przyzagrodowych oczyszczalni ścieków zlokalizowanych w miejscowościach: Plewnik, Kiki, Nasale, Powodów Drugi, Truskawiec, Nowa Wieś, Wola Niedźwiedzia, Zelgoszcz, Bronów, Grabiszew, Ner-Kolonia.
Projekt zrealizowano w ramach Zintegrowanego Programu Operacyjnego Rozwoju Regionalnego w ramach Priorytetu 3 "Rozwój Lokalny" w tym działania 3.1. "Obszary wiejskie" w oparciu o środki z Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, budżet państwa oraz środki własne mieszkańców.
Przedsiębiorcy wykorzystują przepływającą przez teren Gminy rzekę Ner do produkcji ekologicznej energii poprzez zainstalowane Małe Elektrownie Wodne (M.E.W.).
Na rzece w obrębie Gminy zlokalizowane są trzy tego typu elektrownie w miejscowościach Borek (35+830), Wólka (39+750) i Tur (45+050).